Na volitvah, ki so potekale junija 1993, so Hutuji osvojil predsedstvo in nadzor nad parlamentom. V oktobru je bil predsednik ubil Tutsi vojske uradnikov v državni udar, izbruhnilo nasilje med Hutuji in Tutsis, pustil nekaj 100.000 mrtvih. Udar ni uspelo, in Hutu prevladujejo vlada ostala v pawer do leta 1996, ko je bil strmoglavljen s strani vojske.
Leta 2000 sta vlada in številni uporniške skupine podpisali mirovni sporazum. Leta 2001 je bil sprejet prehodno ustavo, in Buyoya postal predsednik prehodne vlade. V februarju 2005, volivci potrdili novo ustavo, ki zagotavlja tako Hutu in Tutsi določenega deleža zakonodajnih sedežev, kabinet mest, in vojaškimi vlogami. V juliju 2005 so potekale volitve za narodne skupščine in senata. V septembru 2006 je vlada in edini preostali uporniške skupine, narodnoosvobodilne sile (FNL), podpisali sporazum o premirju.