Etnične in verske razlike med Azerbajdžanci in Armenci v regiji prišlo do napetosti med obema skupinama. Napetosti so se v poznih 1980-ih in spopadi izbruhnili v Gorskem Karabahu, pretežno armenske regije v Azerbajdžanu. Leta 1990 so sovjetske čete poslana regiji, da se ponovno vzpostavi red.
Med 1990/91, narašča nacionalizem skozi republik, sindikatov postopoma nazadoval avtoriteto Sovjetske centralne vlade. Leta 1991 je Sovjetska zveza propadla in Azerbajdžan postala neodvisna. Tudi to leto, Azerbajdžan pridružil Skupnost neodvisnih držav (CIS), ohlapno konfederacija nekdanjih sovjetskih republik. Med 1992 spopadi med Azerbajdžanci in Armenci v Gorskem Karabahu poglobili.
V juniju 1992, Abulfez Elchibey postal prvi popularno izvoljen za predsednika Azerbajdžana. V letih 1993 Azerbajdžanski sile utrpele več katastrofalnih porazih v rokah uporniških Armencev, ki so ujete vse Gorskega Karabaha in delov okoliških območij. Poleti leta 1993 je bil Elchibey strmoglavljen z frakcije v oboroženih silah. Heydar Aliyev je bil imenovan za vršilca dolžnosti predsednika, in v oktobru 1993, je bil izvoljen za predsednika. Spomladi leta 1994, je bilo premirje s pogajanji med Azerbajdžanci in uporniških Armenci.
