Leta 1888 Brunej, Sarawak, in North Borneo postal britanski protektorate. Štiri leta kasneje je bila meja določi v razponu med britanske in nizozemske posesti na otoku. Med drugo svetovno vojno so bili nekateri izmed obalnih območjih Borneu zasedli Japonci. Leta 1946 so bile Sarawak in North Borneo so britanske kolonije, vendar Brunej ostalo zaščiteno britansko-Sultanat. Nizozemski Borneo združila z Sumatra, Madura in Java leta 1949, da tvorijo Indonezijo.
Leta 1963 Sarawak in North Borneo (preimenovan Sabahom) pridružil Malaya in Singapur pri oblikovanju neodvisne države Malezije. Opozicija Indoneziji k oblikovanju Malezijo pripeljala do oboroženih spopadov na Borneo; spopadov je končalo leta 1966. Brunej osamosvojila leta 1984.