Bohemian Reformacija
Leta 1310 češki prestol prenese na člana družine Luxemburg, nato pa držite položaj svetega rimskega cesarja. Pod cesarja Karla IV (1347-78) Bohemia dosegel svojo zlato dobo. Univerza v Pragi, je bila ustanovljena leta 1348, je bila prva univerza v srednji Evropi. Intelektualna dejavnost privedla do verske nesoglasja, ki je postala zelo razširjena pod vodstvom reformator John Huss (1369? -1415). Izdal ga cesarja Sigismunda, ki ga je obljubil varno ravnanje s cerkvenega zbora, da branijo svoje poglede in nato omogočiti Svetu, da ga aretirajo za herezije, je Huss zažgali na grmadi. To je povzročilo upor, ki ga privrženci Huss je, ki so zahtevali tako verske in politične reforme in, ko Sigismund podedoval češki prestol leta 1419, zavrnil priznanje novega kralja. Nastale Hussite Wars končala leta 1434 le, če cerkev svet strinjal, da sprejme zmerne Hussites kot člani katoliške cerkve.
A Hussite plemič, George Podebrad, je bil izvoljen kralj Češke leta 1458. Leta 1462 je papež Pavel II ga je odstavil, in spet je bil boj. George spet prestol s pomočjo iz Poljske, in o svoji smrti zapustil prestol na poljsko princa, Ladislas II, ki je kmalu postal vladar Madžarske tudi. Ko je bil Ladislav sin in naslednik ubit leta 1526 boj proti Turkom, tako prestoli opravili zaradi poroke s Ferdinanda Habsburškega, nadvojvoda Avstrije in od leta 1556, svetega rimskega cesarja. Od takrat naprej habsburški vladar Avstrije je bil tudi vladar Češkem.
A verski konflikt med pretežno protestantskega prebivalstva Češke in katoliških Habsburžanov pripeljala leta 1618 do izbruha tridesetletne vojne. The Bohemians so bili popolnoma poraženi s strani katoliških sil in izgubil skoraj ves glas v vladi svoje države. Vse protestantske cerkve so bile prepovedane. Češki (ali Moravska) Bratje, cerkev jih Hussites ustanovljena, je bila skoraj uničena.
Habsburške Era
preganjanje protestantov na Češkem s svojimi habsburških vladarjev povzročilo množično izseljevanje čeških aristokratov in trgovci. Njihove kraji so bili priseljenci iz katoliških regijah Nemčije in iz drugih habsburških domen. Nemščina postala jezik višjih slojev. Prebivalstvo, približno 3.000.000 leta 1618, padla na okoli 800.000 jih leta 1654, le šest let po koncu vojne; več kot 550 mest je
