Do konca leta 2000 je talibanski nadzoruje več kot 90 odstotkov države, vendar skupin nasprotuje talibanom, kot severne Zveza je imela utrdbe na severu. Nadaljevanje spopadov poslabšalo posledic hude suše in lakote.
V septembru 2001 je vlada Združenih držav zahteval, da talibani odreči Osama bin Laden, ki je osumljeno organiziranja terorističnih napadih 11. septembra 2001, pred Združene države. Ti napadi so vključevale hujskale štirih letal, od katerih sta bila dva zaletijo v stolpnici Svetovnega trgovinskega centra v New Yorku, ki povzročajo njihovo propad. Talibani so zavrnili zahteve Združenih držav Amerike. V oktobru, ZDA in njeni zavezniki, vključno s Severno zavezništvo, se je začela trajno vojaško akcijo proti talibanom in proti Al Kaide sil v Afganistanu.
Do konca novembra 2001, talibani so bili odstranjeni iz moč in jo nadomestiti z začasne vlade, ki ga je Hamid Karzaj je vodil. Vlada je bil obtožen, med drugim, ohranjanje miru in varnosti v Afganistanu, dokler nacionalni svet, ki lahko volijo in demokratične volitve bi lahko potekala. V nacionalnih volitvah leta 2004, po sprejetju nove ustave za državo, je Karzaj izvoljen za predsednika. Kljub napredku pri oblikovanju nove vlade, spopadi med regionalnimi in etničnih tekmeci nadaljevala po vsej državi, ki prispevajo k njeni nestabilnosti. Odločilno podporo za novo vlado, ki je bila zagotovljena s strani Združenih narodov.
V avgustu 2009, Afganistan potekala predsedniške volitve in Karzaj prejel največ glasov. Vendar pa so bile ugotovljene številne volilne nepravilnosti, ki vodijo do Biti odtok volitvami. Pred volitvami, Karzaja nasprotnik umaknil. Volilni uradniki izjavil, da je Karzaj zmagal na predsedovanje.
