V devetem stoletju zahodni Turkestan postal domena muslimanske perzijskega Samanids, ki je naredil Buxoro (njihov kapital) tekmeca Bagdada v lepoto in kulturo. Nadzor regiji padel na Turki leta 999, in avtohtoni narodi so jih postopoma absorbira.
Mongoli iz Džingiskan osvojil vse Srednji Aziji v času 1219-20, in Turkestan postal del mongolskega imperija . Vrstni red, ki ga Mongoli nogah je bilo mogoče za Marco Polo potovati preko starega Silk Road na Kitajsko, v 1270-ih, in posledično trgovina cvetela več stoletij.
Kot Mongol Empire začel razpad v 14. stoletje, Tamerlan prevzela oblast na zahodu. Pod njegovim dedičem, vendar pa je njegov imperij skrčil za regijo Bukhara-Samarkand, in v začetku 16. stoletja, je izginila. Turkestan je bil razdeljen med več sprtih turške kneževini. Silk Road je postala prenevarna za uporabo; Anthony Jenkinson, je angleški trgovec, leta 1558 bi lahko šel ne dlje vzhodno od Bukhara. Morske poti do Daljnega vzhoda, je bilo ugotovljeno, vendar pa, in Srednja Azija ni bilo več pomembno, da se v zahodnem svetu.
V sredi 18. stoletja Rusija razširjen v severozahodnem Turkestana in Kitajska začela podrejanjem jugovzhodni regiji. Končni teritorialne napredek Rusije je prišlo v drugi polovici 19. stoletja. Leta 1922 so zahodne in osrednje dele Turkestana postala del Sovjetske zveze. Sovjetska Turkestan je bila sestavljena iz uzbeško, Turkmenci, Tadžiku, Kirgiško in del kazahstanskih sovjetskih socialističnih republik. Leta 1991, po razpadu Sovjetske zveze, te republike osamosvojila. 
[1] [2]