Izgnanstvu v Angliji
Queen Elizabeth, čeprav je prijazen do škotskih plemičev, ni odobravala strmoglavljenju zakonite monarha in dovoljeno bratranca, da ostane v Angliji. Vendar pa je bilo Elizabeta jo hranijo v virtualnem porodu. Mary je kmalu postal središče serije katoliških parcel za strmoglavljenje Elizabeth in kraj Marijo na prestolu. V nekaterih je igrala neposredno vlogo; v drugih pa ona ni storil, pa je samo poudarek za risalniki.
Prva parcela, leta 1569, proizvaja vstajo katoliških plemičev v severni Angliji. Bili so hitro premagali, in nekaj 800 uporniki so obesili. Evropski parlament je pozval k Marijinega izvedbo, vendar Elizabeth zavrnil. Leta 1571 Roberto Ridolfi, italijanski bankir v Londonu in tajni papeški vohun, pripravila zaroto, da bi ubil Elizabeth, imajo španščina silo napadejo Anglijo, in postavite Marijo na prestolu. Zgodba je bila odkrita, in vojvoda Norfolk, ključni zarotnik, je bil obglavljen. Parlament je pozval, Elizabeth, naj ukrepajo proti Mariji, vendar pa je zavrnil.
Mary je bil udeleženec v Throckmorton parceli (1583), ki se imenuje za invazijo Francije in Španije v njenem imenu. Njena udeležba leta 1586 v sistemu (v Babington Conspiracy) umora Elizabeth izkazala svojo razveljavljati. Mary je bil preizkušen in spoznan za krivega veleizdaje in Parlament ponovno peticijo Elizabeto za njeno izvedbo. Po nekaj obotavljanja kraljica podpisala smrtno obsodbo, in Marija je bila obglavljena v Fotheringhay gradu 8. februarja, 1587.