Vendar pa je predlog podgan, ki imajo karkoli opraviti z tragedija ni. prišel šele kasneje. To ni preveč za lase privlečeno, da bi podgane priključen na incident; rat parazitske je zagotovo problem, okrog 13. stoletja in ratcatcher je skupen poklic.
Torej bi lahko kaj zgodovinarji res misliš, se je zgodilo na ta usodni dan?
Teorije o izvoru za Pied Piper
Meščani iz Hamelina - in zlasti otroci - so verjetno prizadela jih grozno dogodek v 13. stoletju. Eden izmed najpogostejših teorij o tem, kaj se je zgodilo, da je mladina mestni trpi zaradi neke epidemije. Zgodovinarji kažejo, da, če je prišlo do razširjena epidemija, bi meščani so pokopali otroke v velikem skupnem grobu, ki je zgodba prikazuje kot mesto njihovega izginotja [vir: Dirckx].
Narava te bolezni je sporno. Ker so podgane pokaže v zgodbi, znanstveniki mislijo, da bi lahko bila bolezen, ki se širi od glodavcev, kot Kuga. Nekateri celo kažejo zgodnji različici Black Death jih okužena. Piper je pied oblačila morda razvil iz ideje, da je imel obiskovalec Umrljan kožnih lezij, ki jih prinaša bolezen. Druga teorija pravi, da so otroci ples v zgodbi so bili morda kažejo simptome, podobne tistim iz Huntingtonove bolezni.
Če pa so bili mladi ljudje, vsi okuženi, je mogoče upravičeno dvomiti, zakaj bilo nobenih odrasli. Ena od teorij pravi, da otroci niso bili zbolijo z boleznijo, ampak udari ven na nesrečne otroške križarske vojne. Če je to res, je verjetno zgodilo nekaj desetletij prej, ko je bilo znano, skupine mladih po vsej Evropi, da sodeluje v križarskih vojnah. Ti bi pustil, da sledijo enega otroka, ki je trdil, da ima vizijo od Boga, ki jih je naročila, da pohod v Sveto deželo in jo pridobiti nazaj za krščanstvo.
In nekateri ljudje razlagajo zelo različno zgodbo Grimm. Trdijo, da so otroci živeli in prišli ven na drugem koncu jame v Transilvaniji. To kaže na idejo, da so otroci odšli na vzhod, da oblikujejo svojo kolonijo. Pravljica učenjak Jack David Zipes utemeljuje ta pojem z dokumenti, ki dokaže, da je nekdo prišel k Hamelina približno tem času išče sodelavce kolonizirati področja vzhodne Evrope [vir: Zipes].