zdrahe med guvernerji in frančiškanski misijonarji preko Indijskega politike ovirale razvoj. Leta 1680 Pueblo medicine človek poimenoval papež vodil svoje ljudi v upor, ki je terjal 400 koloniste in vožnje ostalo nazaj v El Paso. Šele leta 1692-96, da je Don Diego de Vargas reconquered New Mexico.
Španski racije za sužnje izzvala apaches nenehnemu sovražnosti. Z 1706 Comanches začela racije v novo Mehiki. Francoska invazija iz Louisiane je bila govorica v 1720. Pedro de Villasur vodil ekspedicijo, da jo izpolnjuje, in je v zasedo s Pawnees, le ducat mož uiti. Leta 1779 guverner Juan Bautista de Anza porazili Comanches. Kampanje proti apaches, 1775-90, uspelo zmanjšati začasno mir.
Prenos Louisiana v Združene države Amerike leta 1803 je bil videti kot novo grožnjo španske vladavine. Zebulon M. Pike in njegova raziskovanje stranka 1806-07 so bili sprejeti zapornike, pospremili nazaj do Louisiana ozemlju, in sprosti. Španske oblasti so bili manj uspešni pri preprečevanju gorske moške (krzno lovcev s pastmi), ki so narejene Taos svoj sedež.
Mehiške Obdobje
Mehika postala neodvisna leta 1821 in New Mexico postal mehiški province. (To je bila imenovana ozemlje leta 1824 in oddelek v 1836), leta 1821, prav tako, William Becknell prišel v Santa Fe iz Franklin, Missouri, preko Santa Fe Trail, začenši z Overland trgovino, ki je kmalu postal izjemno donosna.
Pueblo Indijanci uprli leta 1837, je Santa Fe, in namestili José Gonzalesa Taos kot guvernerja. On je bil poražen in ga mehiški vojaki ubili leta 1838, in organ mehiške vlade je bila ponovno vzpostavljena. Leta 1841 je nova republika Teksasa, ki se je uprl proti Mehiki, je poslal ekspedicijo vojakov in trgovcev v Novi Mehiki. Njen namen je bil, da prevzame trgovalni centru Santa Fe in vzpostaviti avtoriteto Teksasu v Novi Mehiki, vzhodni del katerega Texas uveljavljajo kot del njenega ozemlja. V Texans so umirjena, ki jih New Mexico milice in jim ni uspelo doseči svoj cilj.
Leta 1846 vojna med Mehiko in ZDA se je začela, in vojska pod brigadni general Stephen Watts Kearny je Santa Fe. Je korakala na Kaliforniji, zaradi česar William Bent kot guverner in okupacijskih sil pod polkovnikom Sterling Cena. Pueblo Indijanci uprli in ubili guvernerja Bent na Taos. Čete Priceovi ter milica podjetje gorskih moških kmalu zatrl vstajo. Drugi Indijanci nadaljeval Raider, in Združene države Amerike čete kma
