Na predsedniških volitvah leta 1800 je prišlo do zastoja med Jefferson in Aaron Burr. Čeprav noben prijatelj Jefferson, Hamilton mu raje Burr, in vrgel svoj vpliv na njegovo stran. Kot rezultat, Jefferson postal predsednik in Burr podpredsednik. Leta 1804, medtem ko še vedno podpredsednik, Burr kandidiral za guvernerja New Yorka. Med kampanjo, Hamilton podala izjave napadajo Burr značaj. Burr izpodbijala Hamiltona na dvoboj. Sta izmenjala posnetkov 11. julija na Weehawken, New Jersey. Hamilton je bil smrtno ranjen in je umrl naslednji dan. Pokopali so ga v Trinity pokopališču, New York City.
Zapuščina Alexander Hamilton (27 enot) so bili objavljeni od leta 1916 do 1987.
