Državljansko vojno in po
Ob izbruhu civilne vojna, je Frmont naročil general major prostovoljcev in dal ukaz Oddelka Zahoda, s sedežem v St. Louisu, Missouri. On je bil odstranjen predsednik Lincoln, ko je ukazal, brez dovoljenja, osvoboditev sužnjev v Missouriju, mejnem stanju, da ni odcepila ampak kjer so napetosti visoke. Leta 1862 je dobil ukaz manj pomembna v zahodni Virginiji, vendar se je izkazalo za neučinkovito pri nasprotujočih Konfederaciji je Shenandoah akcijo. Je odstopil svojo provizijo kmalu zatem.
Radikalni republikanci nominiran Frmont za predsednika leta 1864, vendar se je umaknil. Po državljanski vojni, Frmont izgubil bogastvo skozi neuspelem železniško podjetje. Predsednik Hayes ga je rešil iz revščine, s tem da mu poimenovanje guverner Arizona ozemlja, post je imel med 187883. Mrs. Frmont pomagala tudi s financami, ki jih pisanje člankov za različne publikacije. Tik pred Frmont umrl predsednik Harrison ga obnovili v vojsko kot upokojeni general major s plačilom.