Leta 1916 je bil Pershing odredil, da vodi kaznovalnega ekspedicijo v Mehiko, da "nadaljuje in razpršijo" pasu Villa, ki je vdrla v Columbus, Nova Mehika. Med 10-mesečno akcijo čete Pershing je imela spopade z zveznimi četami Venustiano Carranza, vendar izogniti postali vpleteni v vojno. Villa ni bil ujet, a je njegov bend je nikoli več grožnja.
AEF Poveljnik
Named do ukaz A.E.F. v I. svetovni vojni, Pershing prispel v Franciji, 13. junija, leta 1917. On je dobil čin generala, nacionalne vojske, začasno imenovanje. Pershing vztrajal na vzpostavitev ločenega ameriško vojsko, kljub stalnim pritiskom Britanci in Francozi, da vključi svoje čete v svoje enote, kot so zamenjave. Vendar, ko je nemški napad marca 1918, je prodrl po zavezniških linij, je obrnil vso svojo silo maršalu Ferdinand Foch, vrhovni poveljnik zavezniških sil. Pershing načrtoval protinapad na Marne v juliju. ZDA 1. vojska je bila organizirana za St. Mihiel ofenzivo v septembru. Meuse-Argonne ofenziva, ki se izvaja na zahtevo Foch, upset nemška obramba na najbolj občutljivi točki.
Kasnejših letih
Pershing je bil načelnik štaba vojske, 1921-24, nato upokojil iz aktivne službe. Predsednik Coolidge je bil imenovan za predsednika komisije odločati o sporu Tacna-Arica med Perujem in Čilom. Pershing je bil tudi predsednik Ameriške bojne Monuments komisije. Napisal je svoje izkušnje v svetovni vojni (1931), ki je bil nagrajen Pulitzerjevo nagrado za zgodovino.