Prva naloga Whipple je na Harvardu, je preverjanje točnosti fotografskih plošč neba. Da bo naloga bolj zanimiva, je pregledal fotografske negative za kometov. V okviru tega dela je odkril šest kometov, ki so vsi zdaj nosijo njegovo ime.
V začetku svoje kariere, Whipple je določeno, da se naučijo več o meteorjev. Da bi to dosegli, se je oblikovala dve postaji fotografske metode za merjenje tirnico meteorjev. Uporaba kamere z vrtečimi polkna, Whipple je fotografiranje meteorjev na različnih lokacijah. Nato je študiral fotografskih plošč za določitev ozračja upor meteorjev ", hitrost, in okoli Sonca. Whipple nadaljevala te raziskave, dokler je bilo prekinjeno zaradi druge svetovne vojne (1939-1945). Iz njegovega raziskovanja je teorijo, da so kometi, povezane z meteorji in je imel podobno sestavo. Ta linija razmišljanja mu je pomagal oblikovati idejo, da so komet jedra kot umazane snežne kepe.
Leta 1932 je bil imenovan za Whipple inštruktorja za astronomijo na Univerzi Harvard, napreduje na predavatelj šest let kasneje. Med drugo svetovno vojno je delal na področju raziskav, povezanih z vojno na Harvard Radio Research Laboratories, zaslužek Predsedniške certifikat za zasluge leta 1948. Ob koncu vojne leta 1945, Whipple vrnil na Harvard, kjer je bil imenovan izredni profesor. Pet let kasneje pa je napredoval v profesorja, položaj je imel do leta 1977, ko se je upokojil kot Phillips profesor astronomije emeritus. V času svojega mandata Harvard, je služil tudi kot predsednik oddelka za astronomijo.
Po njegovi meteorski raziskave, Whipple študiral orbito 40 kometov rešiti problem, ki zmeden znanstveniki. Astronomi so prepričani, zakaj so nekateri kometi povečati svoje orbite, drugi pa izgubili z energijo in zmanjšanje njihove orbite. Whipple predlagal, da se sestava jedra ponudil razlago. Ko je komet oddaljen od sonca in v hlad prostora, spominja zamrznjenega ledu žogo. Ampak kot komet bliža
