Rowley začel študirati kromosome, deli človeške celice, ki vsebujejo gene, bolnikov levkemijo na univerzi v Chicagu leta 1960-ih in 1970-ih. Človeški kromosomi razporejena v parih. Postanejo vidna pod mikroskopom, če se obarvajo in povečajo tako kot celice, ki vsebuje jim je približno razdeliti. Rowley delal s posebnim mikroskopom in se uporablja za obarvanje tehniko, imenovano kromosom povezovanje, v katerem obarvanju kromosome s fluorescenčnimi kemikalije (kemikalije, ki oddajajo svetlobo) ustvarja vidne pasove 23 kromosomskih parov. Vsak par ima svoj značilen vzorec.
Rowley je pokazala, da pri bolnikih, ki trpijo za kronično mieloično levkemijo (KML), ki se pojavlja predvsem pri odraslih, deli dveh kromosomov je vklopljen kraje ali prenesen. Takšna nepravilnost kromosomih imenujemo translokacijo. Z 1973, je Rowley pokazale, da so posebne prenose, povezane s posebnimi raka. Ta ugotovitev je predložil dokaz za znanstveno teorijo, da ko geni rasti nadzor translocira, kemijske navodila, ki nadzorujejo delitev celic postane poškodovana in celice množijo brez nadzora, kar vodi do raka. Rowley poročali njene raziskave v številnih znanstvenih revijah in napisal knjigo kromosomu Spremembe v levkemija, objavljene leta 1978.
Leta 1977 se je Rowley napredoval v redni profesor na Univerzi v Chicagu. Postala Blum-Riese Distinguished Service profesor na Oddelku univerze za medicino in Oddelek za molekularno genetiko in biologijo celice leta 1984. Istega leta je bil izvoljen tudi za članstvo v National Academy of Sciences. Ona je služil kot predsednik American Society of Human Genetics leta 1993.
je
Rowley osvojil številne nagrade in priznanja, med drugim National Medal of Science in Lasker nagrado za klinično znanost, ki sta jo prejela leta 1998. Je soustanovitelj in sourednik znanstvenih Genes revijah, kromosomi in raku. 
[1] [2]