Leta 1865, Bernarda najbolj znana knjiga, Uvod v študij Experimental Medicine, je bila objavljena. V njem je trdil, da bi medicina napreduje le, če temelji na eksperimentalne fiziologije. Je zavrnila tudi idejo o "življenjsko silo" kot zadovoljivo razlago za življenje. Predlagal je zamisel o "notranjega okolja" - je sestavljen iz humors (kri, sluz, kolera [rumena žolča], in melanholično [črnega žolča]), kri in limfa, ki ostaja stabilna kljub spremembam znotraj in brez organizem. Ko je to stabilno okolje moten, organizem takoj loti obnoviti. Knjiga je privedla do izvolitve Francoske akademije.
V 1870-ih, Bernard začel raziskave na novem področju, ki je privedla do objave, po njegovi smrti, od fenomena življenja Common za živali in rastline. Bernard je umrl 10 februar 1878, v Parizu, bolezni ledvic. Bil je prvi francoski znanstvenik, katerega dosežki so proslavili z državnim pogrebom.