World War II (1939-1945), prekinjen Menzel je akademsko kariero. Od leta 1942 do leta 1945, kot vodja, je služil v ameriški mornarici in učil kriptografije, ki vključuje ustvarjanje in prevajanje sporočil v skrivno kodo. Ukvarjal se je tudi raziskave o vplivu sončne aktivnosti na komunikaciji radio-valov in radijskih razmnoževanje. Vojna je pokazala vrednost radijske komunikacije in vpliv aktivnosti sonca na njej. Potem, Menzel pomagala ZDA Air Force ustanovi observatorij na Sacramento Peak bližini Alamogordo, Nova Mehika.
Menzel še naprej posebej očara sončnih mrkov, in je vodil mrk ekspedicijo v Sibiriji leta 1936 je potoval globus in priča več kot ducat sončnih mrkov v svojem življenju.
A plodovit avtor, medtem ko delate na svoj doktorat na Princeton, je pomagal, da se preživlja s pisanjem znanstvene fantastike zgodbe. Kasneje v življenju, je bil uredniški svetovalec različnih revij, vključno z Galaxy Magazine, znanstvene fantastike reviji. Kljub zanimanje za znanstvene fantastike, pa je napisal tri knjige debunking NLP in vizitacije s zunajzemeljskih bitij. Trdil je, takšni pojavi so posledica bodisi manifestacije različnih naravnih pojavov ali optične iluzije.
Menzel pomagal popularizirati polje astronomije. Napisal je več knjig, usmerjenih proti splošni javnosti, vključno z A Field Guide to the Stars in Planets (1964), priljubljena priročnik za začetek astronome in naše Sonce (1949), standardno sklicevanjem na to temo.
Skupaj s svojo akademsko kariero, Menzel služil tudi kot svetovalec za različne vladne in vojaške organizacije. Bil je tesno seznanil s predsednikom Johnom F. Kennedyjem, pogosto z njim ustreza času predsedovanja Kennedyja glede različnih političnih in znanstvenih zadevah. 
[1] [2]