Dve leti po objavi izvoru vrst, Bates prebral knjigo, "Prispevki za žuželke živalskimi amazonskega doline," da Linnean Society (pred katerim Darwin je prvi razložil svoje poglede na 1858). V članku je navedeno odkritje Bates, da imajo več različnih vrst metuljev skoraj identične barvne vzorce na krilih, od katerih le nekateri odvrnejo ptic plenilcev. Bates je trdil, da je naravna selekcija in Preživetje najmočnejšega povzročil metulj krila, da posnemajo vzorce, ki povečajo možnosti za preživetje. Pred Bates objavil svojo knjigo, so tudi drugi naravoslovci opazil podobnost v barvnih vzorcih med nekaterimi metuljev skupin, ki naseljujejo isto geografsko območje. Bates je bil prvi, ki ponujajo popolno znanstveno razlago za to. Ta pojav, ki se zdaj imenuje Batesian mimikrija, v celoti potrdila Darwinovo teorijo naravne selekcije. Uporaba podatkov Bates, je bil Darwin mogla izpodbiti njegove kritike v kratkem, nepodpisane pregled v Prirodoslovnem pregledu 1863.
Leta 1863, Bates objavljeni naravoslovec na reki Amazonki, v katerem je opisal tako svojo ekspedicijo in njegova znanstvena odkritja.
Leta 1864, Bates je postal pomočnik tajnik Royal Geographical Society of London, post je imel 28 let. Je uredil svoj dnevnik in odločanje in je služil kot svetovalec ali asistent drugih znanstvenih revijah, vključno z entomolog. Bates je prispevala več kot 100 znanstvenih člankov za entomologijo do strokovnih revij, ki mu je prinesla svetovno slavo kot vzvišena organa o hroščev, po vrstnem redu, ki vsebuje hrošče. 
[1] [2]