Človeški vpliv - tako narašča stopnja. stalno prebivališče in turizem - predstavlja nevarnost za ekosisteme in razpoložljivosti virov in storitev otoških. Poleg tega, prelov in uvajanje tujerodnih vrst povzroča okoljske probleme na otokih. Nevzdržna rast zakonitim in nezakonitim komercialnega ribolova morske kumare, plavuti in jastogov ogroža morske ekosisteme
Tujerodne vrste, uvedene na otoke. - Ali je danes, ko se letalo dotakne navzdol ali sto let nazaj, ko raziskovalci iztovorijo - tekmujejo z endemično divjih živali za hrano. Bodite koze, na primer. Peščica koze so bile vložene na Santiago otok leta 1800 in so zdaj ocenjena na številko blizu 100.000. Galapagos populacija koz viri na avtohtone vegetacije in tekmuje z velikan želve za hrano, dobesedno jedo nekatere vrste v izumrtje.
Ker je turizem začel na Galapagos leta 1960, prizadevanja za ohranitev so bili vzpostavljeni na otokih. Charles Darwin Foundation, neprofitna organizacija, osredotočena na znanstvene raziskave in ohranjanja, je aktivna prisotnost. Poleg tega, ekvadorski vlada ustanovila 90 odstotkov otočja kot divje živali ohrani, Narodni park Galapagos in Galapagos Marine Reserve.
V skladu z novim zakonom, poseben režim za Galapagos, vlada poskuša omejiti migracije , nadzor nad razvojem in zaščito avtohtonih vrst in ekosistemov. Kljub prizadevanjem za ohranitev, je Odbor za svetovno dediščino dodali Galapagos na Unescov seznam svetovne dediščine v nevarnosti v letu 2007.
