Poleg regulacije turizma, številnih organizacij, nacionalnih in mednarodnih, delajo skupaj da bi poskušali rešiti težave v Galapagos. Na raziskovalni postaji Charles Darwin (CDR) na otoku Santa Cruz, znanstveniki so dosegli nekaj uspeha s programom hatchling vzgojo za orjaških želv v poskusu, da bi povečali število teh ogroženih vrst. CDR je raziskovalna veja Charles Darwin fundacije za Galapagos otočju (CDF), organizacija, ustanovljena leta 1959, ki ga mednarodna skupina znanstvenikov, ki so postali zaskrbljeni zaradi uničenja Galapagos divjih živali. Fundacija deluje pod okriljem Združenih narodov za izobraževanje, znanost in kulturo (UNESCO), IUCN (Svetovna Conservation Union) -a večnacionalne za ohranjanje in upravljanje prosto živečih živali organizacija, in vladi Ekvadorja. Namen CDF je, da svetuje vladi o strategijah za ohranjanje otokov in za delovanje CDR. Znanstveniki na lestvici CDRS zbiranju podatkov o morskem okolju otokov, preuči učinke nedavno uvedenih rastlin in živali, ter razvijati programe okoljskega izobraževanja.
Leta 1968, Ekvador ustanovila Galapagos National Park Service (BNP) do izvajanje ohranitvenih ciljev, ki jih na lestvici CDRS in nadziral Galapagos National Park. Leta 1986 je vlada ustanovila Galapagos morskih virov rezervat. Rezerva je sestavljen iz več kot 70.000 kvadratnih kilometrov (27.000 kvadratnih kilometrov) z vodami, ki obdajajo otoke, ki jih je določil 28-km (17 milj) meje. V novembru 1996, Nacionalni inštitut Ekvador za gozdarstvo in narodnih parkov razglašena morskega pridržati del Galapagos National Park. Ne komercialni ribolov je dovoljen na območju, in tradicionalni ribolov je dovoljen le v nekaterih delih njega. Poleg tega predpisi urejajo velikost in vrsto rib in morskih bitij, ki se lahko sprejmejo, tako da so ostali, da so mladi in reprodukcijo člani iz vrst, da se zagotovi dolgoročno preživetje otoške morskega življenja. Mnogi naravovarstveniki v sredini 1990-ih zatrjeval, pa je, da zvezna vlada ni ustrezno nadzorujejo morsko rezerve in uveljavljanje predpisov. Naravovarstveniki s
