indonezijske čete vpisana Portugual nekdanji kolonijo Vzhodni Timor leta 1975, da se prepreči osamosvojitvi iščejo upornike iz polastiti ozemlja. Vojaki ubili nekaj trideset odstotkov East Timorja prebivalstva med letoma 1975 in 1976, ko so priložena deželo. Spopadi med uporniki in indonezijskih sil nadaljevala v 1980-ih in 90-ih. Leta 1999 je Vzhodni timorski odobril neodvisnosti referendum. Približno 2000 ljudi je bilo ubitih, ki jih indonezijskih milic po glasovanju. Indonezija je umaknila svoje sile tri mesece kasneje.
Medtem, Suharto preživel 1970-ih in 80-ih posodobitev gospodarstva, medtem ko o uvedbi represivni diktatorski režim. Ga leta 1990 v Indoneziji je imel eno izmed najhitreje rastočih gospodarstev na svetu. Pozicije moči so bile napolnjene s Suharto prijateljev in družinskih članov, od katerih so mnogi postali zelo bogat. Če gospodarstvo padel v globoko recesijo v letih 1997 in 1998, množične ulične proteste moten Džakarta in več drugih mestih. Suharto je bil obtožen kraje blizu 600 milijonov $ od države in prisilil k odstopu. Zamenjal ga je podpredsednik BJ Habibie.
Leta 1999, pritok muslimanskih priseljencev v Moluccan otoke (ali Spice Islands) v vzhodni Indoneziji privedlo do spopadov med muslimani in kristjani, v katerih je bilo ubitih več kot 5000 ljudi .
Na konec leta 1999, Abdurrahman Wahid je postal prvi demokratično izvoljeni predsednik v državi, v štiridesetih letih. Vendar pa je bil obtoži zaradi obtožb o korupciji, v juliju 2001. Podpredsednik Megawati Sukarnoputri postal predsednik.
Leta 2002 je bilo več kot 190 ljudi umrlo, ko je bil terorist eksplodirala bomba na Baliju.
V juliju in septembru 2004, Indonezija potekala prva neposredne predsedniške volitve. V prvem krogu prejel noben kandidat ne dobi večine glasov. Po drugem krogu, upokoje
