A velik cunami, ki ga podmorski potres off severni Sumatri povzročil ubitih več kot 100.000 prebivalcev otoka v decembru 2004. Po cunamiju odnosi med indonezijskih vladnimi silami in-osamosvojitvenih iščejo upornike pričel umirjati v regiji Aceh. V avgustu 2005, obe skupini podpisali mirovni sporazum. Aceh je bila dodeljena več avtonomije (samouprave), ki ga je Parlament v juliju, je bilo 2006. Volitve potekajo v regiji, v decembru istega leta.
Leta 2006 so naravne nesreče umrlo več ljudi v Indoneziji. Več kot 5800 ljudi je umrlo na otoku Java, ko je velik potres v maju. V juliju je bilo več kot 600 smrtnih žrtev po cunamiju zaletel v Java. Leta 2009 je bil Yudhoyono ponovno izvoljeni.
