Kljub temu sporazumu, ki ga nasprotna skupin v vojni za uskladitev z mirovnega načrta, ki ga petih srednjeameriških okrožij, podpisanega leta 1987, državljanska vojna nadaljevala. Alfredo Cristiani, na Arena stranke, je bil izvoljen za predsednika leta 1989. Leta 1991 je bila podpisana premirja. Državljanska vojna uradno končala leta 1992 v skladu z načrtom, v katerem so gverilske sile dogovorili, da razpusti v zameno za program političnih in gospodarskih reform s strani vlade. Leta 1994 je v prvem povojnem volitvah, Armando Calderon Sol, na Arena stranke, je bil izvoljen za predsednika. Leta 1998 je hurikan Mitch povzročile obsežno škodo v državi.
V začetku leta 2001, potres v El Salvadorju umrlo okoli 1.200 ljudi in pustil več kot 1 milijon brezdomcev. Leta 2004 je bil Elias Antonio (Tony) Saca izvoljen za predsednika. Tudi v letu 2004, Salvador ratificiral sporazum o prosti trgovini, Dominikanska republika in Srednja Amerika-ZDA (CAFTA-DR). Ta namen sporazuma je bil zmanjšati trgovinske ovire med sodelujočimi državami. V veljavo je stopil leta 2006.
V marcu 2009, Salvadorans izvoljen Mauricio Funes od levičarskega Farabundo Marti Nacionalna osvobodilna fronta (FMLN) predsednika. Funes je nastopila mandat v juniju. Konservativna Nacionalistična republikanski Alliance (ARENA), je bila na oblasti že skoraj 20 let. 
[1] [2]