Leta 1903 je Kolumbija zavrnil Združene države dovolijo zgraditi kanal čez ožine Paname. S spodbudo iz Združenih držav Amerike, Panama odcepila iz Kolumbije. Neodvisnost Panama ni bila formalno reorganizacijo Kolumbije do leta 1921. V resne socialne nemire 1920 in vse večji pritisk od kmetov in delavcev privedlo do programa postopnega družbene reforme.
Peru Leta 1932 zasegli del ozemlja Kolumbije. Društvo narodov poravnati spor, vračanje zemljišč v Kolumbiji. Kolumbija, ki je bil aktiven v gibanju Pan ameriško od njenega začetka leta 1889, je bil gostitelj konference Pan American leta 1948, ki je vzpostavil Organizacije ameriških držav.
Medtem, javno nezadovoljstvo in politična nestabilnost so postali kritična. Nemiri so izbruhnili v Bogoti po umoru voditelja liberalne stranke leta 1948. motnje širijo hitreje kot vsaka politična stranka poskušala pridobiti nadzor nad pokrajino. Policijska represija se je povečala, kot je državljanska vojna je divjala v provincah. Vojaški udar leta 1953 prinesel Splošno Gustavo Rojas Pinilla na oblast. Naslednje leto je bil izvoljen za predsednika, ki ga je ustavno montažo.
Rojas je izrinili z vojaško hunto leta 1957. V istem letu je liberalna in konservativni stranki oblikovali dogovor o sodelovanju pri ponovni vzpostavitvi civilne oblasti.
Čeprav so nemiri in levičarski gverilsko bojevanje nadaljevalo v 1960-ih, je nova vlada prinesla določeno mero politične stabilnosti in gospodarske rasti. Javna podpora za zavezništvo zmanjšala. Novi nemiri sledila izvolitev leta 1970 in grozil preživetje vlade. Dvopartijski pakt se je končalo leta 1974.
Nedovoljen promet s prepovedanimi drogami je postal večji problem leta 1980, kot je Kolumbija postal največji svetovni proizvajalec kokaina. Leta 1994 se je pokazalo, da je predsednik, Ernesto Samper, je zbrala prispevke kampanja dilerji. Andres Pastrana, ki je prvi prinesel korupcijo SAMPER za svetlobo, je bil izvoljen za predsednika leta 1998. Čeprav je takoj stopil v mirovnih pogajanjih z uporniki, boj nadaljeval.