Nekateri 400 Francoske ladje odplula iz Toulona 19. maja, 1798. Ne samo, da so ladje Knjigovodska vojsko z 2.000 kosov artilerije, ampak tudi na krovu je bilo 175 naučili civiliste z več sto zabojev, polnih znanstvenega aparata in knjig. Njihova naloga je bila, da preuči vse o starem Egiptu.
Luck je podpiral Francoze
Na dan, preden so pluli, nevihta razpršene Lord Nelson je britanske ladje, ki so patruljiranje v Sredozemlju. Francoska dosegel Malto pred Britanci in zasegli otok z napadu. Potovanje v Egipt je štiri tedne, vendar Nelson ni mogel najti francoske ladje.
Napoleon ujeli Alexandria 2. julija 1798, in korakali na proti Kairu. V bitki pri piramide (21. julij), je premagal egipčansko vojsko z usmeritvijo svoje glavno sestavino, Mameluke konjenico. Kairo so zasegli naslednji dan, in Napoleon začel organizirati Egipt v francoski protektorat.
Nelson končno našel francosko floto in jo uničili v bitki Nila (1. avgusta). V septembru, z britanskim spodbudo je Otomansko cesarstvo napovedala vojno Franciji, One Turška vojska zbrali na Rodosu, da napadejo Egipt po morju in drugi, zbranih v Siriji za napad po kopnem.
V februarju 1799, Napoleon odločil, da odpravite turški kopenski napad, ki ga začenja ofenzivo proti Turkom v Palestini in Siriji. Francoske sile so prišli le Palestini, kjer so zasežene Jaffe v marcu, vendar ni sprejela Acre, v aprilu. Po kuga izbruhnila v svojo vojsko, Napoleon umaknil v Egipt. V juliju se je turška vojska iz Rodosa pristali na Abukir. So preglasovani Francoze dva proti ena, toda Napoleon jim obravnavali poraz.
Zdaj Napoleon izvedel, da je bil drugi Coalition (Velika Britanija, Avstrija, Rusija, Neapelj, Portugalska in Turčija) oblikovali proti Franciji. Skoraj vsi so bili Italija izgubila kombiniranih avstrijskih in ruskih sil pod poveljstvom maršala Alexander Suvorov. Napoleon se odločili za vrnit
