Po Lincolna smrti, Johnson je prepričal umorjen kabinet predsednika, da še naprej služil pod njim. Secretary of War Edwin M. Stanton, pa je bil zaveznik radikalov. V avgustu 1867, Johnson zavrnilo Stan tone, kratenje mandat zakona urada. Radikalov uporablja to potezo sprejeti drastične ukrepe proti Johnsonu.
On February 24, 1868, kongresnik Stevens začela obtožbi -proceedings zoper predsednika za visoke kaznivih dejanj in prekrškov. Sojenje je trajalo dva meseca. Na koncu je bilo končno glasovanje v senatu 35 za obsodbo, 19 proti. Ker je bila potrebna dvotretjinska večina, je bil prizaneseno z enim glasovanjem. Čeprav je oproščen, Johnson postrežejo svojega mandata kot nemočni predsednika, in je ni resen poskus za 1868 predsedniško nominacijo. Ga je nasledil Ulysses S. Grant, ki je republikanec.
Administracija Johnson, pa ni bila brez opaznih uspehov v zunanji politiki. Johnson, spretno pomaga državni sekretar William H. Seward, uspelo dobili Francozi umakniti iz Mehike leta 1867, torej ugodilo Monroe doktrino. Seward dogovoru tudi nakup Aljasko od Rusije, ki isto leto.
Final Years
Po prenehanju funkcije, Johnson vrnil v Tennesseeju, kjer se je aktivno zanimanje za državne politike. Leta 1869 je bil neuspešen kandidat za ameriškega senata, in leta 1872 je bil poražen za predstavnika-at-velika iz Tennesseeja do kongresa. Spet kandidiral za senat leta 1874, in je bil izvoljen za ta čas. Ko se je vrnil v senatu v marcu 1875, je prejel stoječe ovacije. Kmalu po kongresu je bila prekinjena to poletje, Johnson obiskal hčer v Carter County, Tennessee, kjer je utrpela kap in umrl 31. julija
Johnson je bil pokopan na hribu v Greeneville, zavit v 37-zvezdicami zastavo a z izvodom ustave pod njegovo glavo.
