Leta 1928, Condon pridružila Univerzi Columbia kot predavatelj fizike. Kasneje istega leta je postal docent za fiziko na univerzi Princeton. Naslednje leto je poučeval fiziko na univerzi v Minnesoti. Vrnil se je v Kolumbiji leta 1930, kjer je ostal do leta 1937.
Condon večina njegovih izvirnih prispevkov razvit za napredovanje teoretične fizike, medtem ko na Princeton. Njegova razlaga visoko energetsko proton-proton sipanja pojasnil jedrski močno silo, ki je bil podlaga za sodobne jedrske teorije in dramatično vplival na razvoj raziskav v atomski energiji. On je tudi prispevke v masno spektroskopijo molekul in v razumevanju kvantne mehanske podlagi molekulskih vibracij, merjena z infrardečo spektroskopijo in vrtenja svetlobe v molekulah.
Leta 1937, Condon preselil v Pittsburghu, da se pridružijo Westinghouse Electric and Manufacturing Corporation kot pomočnik direktorja za raziskave. Je pomagal voditi podjetje v jedrski starosti z izboljšanjem in osredotočanjem osnovne jedrske raziskovalne programe. V zgodnjih 1940-ih, je bil svetovalec za nacionalno obrambo Raziskovalnega odbora in pomagal razviti zraku radarske sisteme za uporabo v drugi svetovni vojni (1939-1945). Pomagal je tudi ugotovila, da je laboratorij sevanji na Massachusetts Institute of Technology (MIT). Tudi v začetku leta 1940, J. Robert Oppenheimer imenovan Condon pridružena direktorica takrat tajno Los Alamos laboratoriju, kjer je zaprosil svoje delo na masno spektroskopijo za ločevanje uranovih izotopov za jedrsko orožje. Od 1943-1945 je bil zaposlen v Laboratoriju sevanji na Berkeleyju o množičnih separacije spektrometrićnih izotopov urana za atomsko bombo. Po vojni, Condon začel pisati in govoriti v prizadevanju za izobraževanje javnosti o političnih odločitvah o vojaško uporabo jedrske energije. Verjel je, da je civilni nadzor nad razvojem in proizvodnjo jedrskega orožja eden od ključev do izogibanja jedrsko vojno.
Leta 1945 je postal direktor Nacionalnega urada za standarde in delal kot znanost svetovalec Posebnega odbora senata za atomsko energijo, ki ji predseduje senator Brian McMahon. Leta 1946 je bill McMahon-Douglas ustanovil civilno komisijo za atomsko energijo, v delu, ki je posledica dela Condon je.
