V juniju 1884, Bessey levo Iowa, da sprejme stališče, kot profesor botanike in dekan Industrial College (ki je vključevala šolo kmetijstva) na Univerzi v Nebraski. Ko Bessey prišel, ni bilo nobenega programa za botaniko, vendar je zgradil trden program, ki je vključeval laboratorije z mikroskopi in ekskurzij. Medtem ko je na Nebraski je zgradil herbarij in botaničnega stanovanjskega knjižnica literature. Bessey služil kot dekan kolegija iz industrijskega leta 1884 do 1888 in od 1895 do 1909. Od leta 1888 do 1891, je imel dvojno delovno mesto vršilca dolžnosti kanclerja in dekan Visoke šole za literaturo, znanost in AREMD. Leta 1899 in 1907 je spet delal kot deluje kanclerja. Page
[1] [2]
a, Bessey objavil več kot 150 člankov in kritike. Veliko je pisal o temah, suše in bolezni rastlin in gliv. Je imela interes za primitivnih avtohtonih trav in rastlin. Dva od njegovih člankov, "Razvoj in klasifikacija" (1893) in "Filogenetske Taksonomija cvetoče rastline" (1915), so bili semenskih dela. Na zahtevo založnika in pritiskanjem Gray, Bessey napisal učbenika Botanika za visoko in višje šole (1880), ki je uvedla nova področja študija. Njegova druga knjiga, Essentials botaniko (1884), je bilo manj tehnično in postal najbolj pogosto uporablja botanika besedilo v Združenih državah Amerike. Bessey je tudi botanična urednik dveh vodilnih revij, ameriška prirodoslovec (1880-1897) in znanost (1897-1915).