Leta 1937 je bil Lorenz imenovan predavatelj primerjalne anatomije in živali psihologije na Univerzi na Dunaju. Tri leta kasneje je odšel v Avstrijo, da postane profesor psihologije na University of Königsberg v Vzhodni Prusiji (sedaj Kaliningrada v Sovjetski zvezi). World War II (1939-1945) kmalu prekinil svojo akademsko kariero. Se je pridružil nemško vojsko in služil na vzhodni fronti kot zdravnik. V juniju 1944, mu je ruski vojaki so zapornika, in je preživel skoraj štiri leta, v taborišča.
Bil študij na Altenberg nadaljevala po vojni z majhno štipendijo od Maxa Plancka Društva za napredek znanosti. Njegova 1.949 knjiga, objavljena v angleščini kot kralj Salomon je obroč: novi luči živali Ways (1952) postal mednarodni uspeh in uvedla pojme etologije za mnoge bralce. Pisal je tudi priljubljen Man Meets Dog (1955), v katerem je raziskoval odnos med človekom in hišne ljubljenčke. V svoji kontroverzni knjigi On agresije (nemščina, 1963, angleščina, 19.661, je definiral agresijo kot vedenje, usmerjeno proti članom lastnih vrst, in trdil, da je agresija prirojena pri ljudeh kot tudi živali
Leta 1951, Lorenz. postal vodja raziskovalne postaje inštituta Maxa Plancka za morsko biologijo v tisto, kar je zdaj Vestfalija, Nemčija. V sredini 1950-ih, on in dve drugi znanstveniki ugotovili, Inštitut za Vedenjski fiziologijo v Seewiesen, na Bavarskem, v bližini Münchna. Lorenz je postal njen edini režiser po letu 1961. Leta 1973 Lorenz je postal direktor Inštituta za primerjalno etologije Avstrijske akademije znanosti leta 1973.