Poleg tega rezultati na fMRI skeniranja lahko težko interpretirati. Na primer, v eni UCLA raziskavi raziskovalec Marco Iacoboni, ko so nihajna volivci prikazanem besede " demokrat, " " Republikanska " in " neodvisna, " področje možganov, imenovan amigdala bil aktiviran, kar kaže občutek tesnobe in gnusa. Ampak trije pogoji vzbudil tudi aktivnost v predelih možganov, povezanih z nagrado, želje in povezanosti. Torej, kako si ti politični pogoji bi subjekti čutijo - Zgrožen ali povezani? Bilo je težko za raziskovalce, da povem z gotovostjo. [Vir: Scientific American]
Zaradi teh pomanjkljivosti, nekateri kritiki trdijo, da je fMRI nič več kot visokotehnološko različico phrenology, pseudo 19. stoletja -science, ki je trdil, da razkrijejo značaj osebe, ki temelji izključno na obliko njegovega lobanje. V prihodnosti, raziskovalci upajo, da bo fMRI bolj " znanstveno " in izboljšati svojo natančnost, s poudarkom na posameznih nevronov. Mislijo, da s snemanjem električno aktivnost v nevronih, bodo dobili bolj popolno in natančno sliko možganske aktivnosti.
