Drugi ugovor je, da smo v resnici ne vem, kaj je dolgoročni učinek na okolje bo. Kaj se zgodi, če geni spremenjenih pridelkov najdejo svojo pot v prosto živečih vrst? To je težko oceniti, kaj bi lahko vplivale spremenjene rastline imajo na avtohtone vrste rastlin. To bi bilo mogoče, da bi lahko tudi druge vrste rastlin razvijejo podobne poteze spremenjenih pridelkov. Če plevel razvije odpornost na herbicide, smo nazaj na začetek na tej fronti.
Nekateri se bojijo, da z uvedbo genskega materiala v pridelkih, lahko znanstveniki ustvariti tudi nove alergene. V Združenih državah Amerike, uprava za hrano in zdravila postavlja stroge predpise o gensko spremenjeni hrani, ki vključujejo obsežne alergenih testov. Morda je celo mogoče, da odstranimo alergene sestavine v obstoječih hrane, da bi jim varen za ljudi, ki bi sicer morali preprečiti to vrsto hrane.
Pest odporna rastline lahko pripelje do nekaj težav. Kmetje lahko uporabite več kemikalij za zdravljenje posevkov gensko spremenjena upreti strupov. Te kemikalije lahko zgraditi toksinov v zemlji ali pronica v podtalnico. Gensko spremenjenih pridelkov s strupenimi beljakovinami, namenjene da se ubranijo pred škodljivci lahko vpliva tudi na druge vrste. Po drugi strani pa kmetje ne bi bilo treba uporabiti toliko pesticidov, ko rastejo poljščine z vgrajenim repelent škodljivcev. Nekatere študije kažejo, da z zmanjšanjem odvisnosti od pesticidov, so lahko nekatere vrste dejansko korist od stikala do gensko spremenjenih pridelkov.
Obstaja tudi strah nekaterih kmetovalcev, da bi biotehnologija privedlo do zmanjšanja biotske raznovrstnosti. Če bomo našli posebno pridelek biti donosna in enostavna za gojenje, lahko kmetje opustili druge sorte v korist spremenjenih rastlin. Zmanjšuje raznolikost lahko pripelje do nevarnih posledic. Celotne populacije pridelkov lahko umrl, če bolezen prizadela. Raznolikost lahko tudi pomagajo ohraniti zemljo zdravi in preprečuje strupov iz izgradnji v daljšem časovnem obdobju.
Na koncu, moramo pretehtati možne koristi kmetijske biotehnologije pred tveganji. Food and Drug Administration (FDA) ima tesne predpisov o gensko spremenjenih rastlin, namenjenih za zagotavljanj
