Ker so tudi vzorci dani v mikroskope predmet vakuumu, včasih opraviti dodatne priprave, da se zagotovi, da imajo na podlagi takšne ekstremne razmere. Biološki vzorci, na primer, se običajno dehidrirani, preden se dajo v SEM. V nasprotnem primeru bi nizka atmosferskega tlaka vakuumu povzroči vode v bioloških vzorcih hitro izhlapi, uničuje vzorec v postopku. Drugi osebki so zamrznjeni, preden se jih pregleda, in še drugi so kemično obdelana tako, da preživijo proces povečave.
Raziskovalci, kot fotografi, imajo različne nadzora nad slikami, ki jih proizvajajo. Povečava, ostrenje, kontrast in svetlost slike so vse na dosegu roke na upravljavca SEM. Medtem ko so nekateri modeli namenske strojne opreme za te nastavitve, je novejši integracija računalniških kontrol tako znižali stroške SME in poenostaviti njihovo delovanje.
Na koncu, se prepričajte, da opazujejo nekatere varnostne ukrepe pri delovanju instrumenta. V procesu skeniranja vzorce, SEM ustvarjajo majhne vrednosti sevanja v obliki rentgenskih žarkov, kot so elektroni pod površino osebka odstrani in zamenja z drugimi elektronov. Medtem ko X-žarki so same po sebi nevarni za ljudi, ki jih ne bi smelo biti preveč zaskrbljeni upravlja SEM. Večina instrumentov imajo zelo osamljen primerek komoro, ki je namenjen za zadrževanje električno in magnetno motenj, zato bo vsaka rentgenskimi žarki v procesu povečave ne bi predstavljala nevarnost za operaterja. Kljub temu pa morajo raziskovalci se prepričajte, da spoštuje vse varnostne ukrepe v zvezi z delovanjem SME na svojo institucijo.
