Leta 1970, Gilbert se je začela pogovore z različnimi podjetji, ki želel izkoristila raziskave rekombinantne DNK. Leta 1978 je s skupino drugih znanstvenikov ustanovljena Biogen NV, ki temelji na švicarski genski inženiring podjetje. Gilbert je bil predsednik znanstvenega sveta direktorjev. V času svojega mandata v Biogen, podjetje uspelo sintetizirati interferonom alfa, snov, mislili, da ima raka boj lastnosti.
Po odsotnost z teči Biogen, Gilbert vrnil na Harvard leta 1985. On je nadaljeval poučevanje in Leta 1987 je bil imenovan za predsednika oddelka za celične in razvojne biologije. Bil je tudi nadaljevala svoje raziskave na genskem strukturo in proizvodnjo proteinov iz rekombinantnih organizmov. V poznih 1980-ih, je postal zagovornik Human Genome Project, katerega cilj je bil, da zaporedje in zemljevid celoten človeški genom, ali 46 človeških kromosomi.
Leta 1992, Gilbert ustanovil zasebno podjetje, imenovano Myriad Genetics , Inc Myriad bil vpleten v prizadevanjih za zaporedje človeškega genoma. Leta 1996 je postal glavni izvršni direktor Net-Genics, farmacevtske biotehnologije podjetju. Leta 2001 je vzel dopust na Harvardu, da se pridružijo tveganega kapitala podjetje imenovano BioVentures Vlagatelji, ki temelji v Cambridgeu, Massachusetts.
Gilbert je bil podeljen častni stopinj Columbia University, University of Chicago, in University of Rochester. Leta 1991 je postal častni član pri Trinity College, Cambridge University. Je član National Academy of Sciences, Ameriške akademije znanosti in umetnosti, American Society of Biological kemikov in American Physical Society. On je tuja član britanske Kraljeve družbe.
Gilbert je prejel številne nagrade, poleg Nobelove nagrade. Leta 1968 je prejel Steel Foundation nagrado ZDA v molekularno biologijo National Academy of Sciences. Leta 1979 se je z Frederick Sanger, je dobil Albert Lasker Basic Medical Research Award. Dodeljen mu je bil New England Podjetnik leta nagrado leta 1991.