Ampak spet, strokovnjaki opozarjajo, bi bili morebitni škodljivi vplivi na okolje je treba preučiti. Metan je močan toplogredni plin (plin, ki prispeva k segrevanju ozračja). Če bi bili osvobojeni velike količine metana v procesu obnove in dovoliti, da pobeg v ozračje, bi bilo treba nepredvidljiv učinek na svetovno podnebje. Nekateri znanstveniki so prav tako sumijo, da je občasna taljenje metana hidratnih žepov povzroča ogromne podvodnih plazov, kar lahko sprožijo destruktivno cunamiji (velike valove, ki jih nevihte ali podvodnih motenj povzročajo). Črpanje metana iz morja bi zato prispevala k še več zemeljskih plazov in cunamiji. Drugi znanstveniki pa pravijo, da so bile pretirane možne negativne posledice rudarjenja metana hidratov.
Uporaba morskega dna Kot strupenih odpadkov Dump
Druga možna uporaba za globokomorski nadstropju je odstranjevanje teh nevarnih materialov, kot jedrskih odpadkov in strupenih kemikalij. Nekateri strokovnjaki so predlagali uporabo mesta v bližini sredi velikih, stabilnih oceanskih plošč, globoko zajeti s sedimenti, za ta namen. Ena metoda predlagal odstranjevanje vrtati globoko luknjo v usedlini, odpadke prečrpa navzdol v obliki gošče, in potisni sedimenta nazaj v luknjo. Glina delci oceanskega sedimenta predstaviti mogočna oviro za pretok odpadkov.