Diego de Almagro, tesni sodelavec Pizarro je, je bila narejena guvernerja regija na jugu (Čile in južni Bolivija). Iskanje ni bogastvo tam in občutek goljufal, Almagro zasegli Cuzco od sil Pizarro je. Pizarro znova zavzela mesto in dal Almagro do smrti leta 1538. Leta 1541 je bil Pizarro umorjenega s privrženci Almagro je. Vzpostaviti red Charles I Španiji poslal podkralj, ki je bil odstavljen leta 1548 Gonzalo Pizarro Franciscu pol brat, ki je imel prej deklarirane sam guverner. Royal organ, je bila ustanovljena leta 1548.
Viceroyalty v Peru
Zaradi svojega zlata in srebra, je Peru najpomembnejši ameriških kolonijah Španije. Viceroyalty vključenih vseh španskih Južno Ameriko, kakor tudi Panama, po katerem je bil perujski zaklad opravila, ki se pošiljajo v Španijo. Indijci so bili uporabljeni kot rudarji, in občasno se uprli pod kruto špansko pravilo. Po uporu leta 1571, je imel Viceroy Francisco de Toledo Tupac Amaru, zadnjega preživelega člana inkovskega kraljeve rodbine, usmrtili.
Bogastvo perujskih pritegnil Buccaneers številnih narodnosti. Leta 1624 je nizozemski East India Company oblegati Callao za pet mesecev v neuspešnem poskusu, da sprejmejo Lima. Do sredine 17. stoletja pa so rudniki Peru igral ven, in kolonija začela gospodarsko in politično upadati.
Območje na severu je bila narejena ločeno viceroyalty, imenovano Nova Granada, v 1717. V letu 1776 oblikovanju viceroyalty La Plata loči od Peruja jugovzhodnem delu celine, vključno Zgornji Peruju (Bolivija), kjer so se nahajale mine. Kapetanski generalni Čile postal neodvisna od Peruja v 1778.
Indijanci so bili zatirani in grdo ravnali s Španci. Bili so prisiljeni delati za nizke plače na poljih, rudnikih in tekstilnih tovarnah, in so obdavčene poleg. Leta 1780 José Condorcanqui, ki je prevzel ime Tupac Amaru II, vodil neuspešno indijski upor, ki je trajal tri leta.
Neodvisnost Gibanje
Prvi gibanja za neodvisnost v Južni Ameriki je prišel kmalu po tem, ko je bila Španija zasegli Napoleon Bonaparte leta 1808. perujskih uradniki ostal zvest do španskega prestola in podkralj je hitro pošiljanje vojakov v uporniških mestih v sosednje regije, kot tudi v svojo lastno.
Revolucionarne sile pridobili moč, vendar pa, in v 1818 Čilu, s pomočjo José de San Martín Argentine, osamosvojitvi. V revolucionarji začel invazi
