Za 10 let, od leta 1857, Pasteur je delal kot direktor znanstvenih študij na École Normale. Odšel je to delovno mesto, leta 1867, da se osredotoči na svoje raziskave. V zgodnjih 1860-ih, je spoznal, da je vino izkaže zagrenjen zaradi mikrobov (klic), ki vstopijo v vino, medtem ko se je. Je pokazal, da lahko uporabi kontrolirana količina toplote ubije mikrobe brez spreminjanja okus vina. Ta uporaba toplote kot sredstvo za ubijanje mikrobov je postal znan kot pasterizacijo, po Pasteur. Pasteur uporabljajo tudi ta način, da se ohrani mleko, pivo in hrano.
Leta 1865, Pasteur je določeno, da pomaga svilenega industriji. Bolezen se imenuje pebrine je ubijanje veliko število sviloprejke. Delal je več let, da dokaže, da je mikrob, ki napade jajčeca sviloprejk povzroča bolezen. Pokazal je, da bi odprava te kal v drevesnicah sviloprejk izničilo bolezni. Njegovo raziskovanje bolezni sviloprejk rešil svileno industrije v južni Franciji.
Pasteur je izkazalo, da so mnoge bolezni, ki jih mikrobi, ki množijo v telesu povzroča. Prav tako je dokazano, da če so mikrobi oslabljena v laboratoriju in nato postavi v telesu živali, žival razvije imunost (odpornost) na mikroba. Poklical je ta metoda boj proti off mikrobov cepljenje. Pasteur dokazal vrednost cepljenja s cepljenjem ovce zoper hude nalezljive bolezni, ki se imenuje antraks. Pasteur izposojene ideje iz uspehu Edward Jenner, ki je britanski zdravnik, ki je v 1790 so je odkrili varen način bi ljudje imuni na črne koze. Jenner inokulirali mladega fanta s snovjo iz kravjih boleče. Deček je razvil kravjih, relativno neškodljiv bolezni, povezanih z kozam. Toda, ko Jenner kasneje vbrizgali dečka z zadevo iz kozam boleče, pa fant ni prišel dol s to boleznijo. Njegova borba s kravjih ošpic, ki je pomagala njegovo telo zgraditi odpornost proti kozam. Jenner je klasičen poskus je bila prva uradno zabeležena cepljenje.
Pasteur se je začela leta 1881 na študij steklino, infekcijsko bolezen razširila z ugrizom ste
